La Pedrera del Vila-real CF
Una de les polítiques del Villarreal CF és, sens dubte, donar la màxima importància a les categories inferiors. Igual que el transcurs del primer equip, la pedrera groga ha anat creixent de a passos de gegant i, actualment, compta amb 41 equips que, des dels més menuts fins als del filial, tenen la mateixa filosofia de preparació, basat en l'exigència i l'orde disciplinari per a poder educar els jóvens tant dins com fora del camp de joc.
El Submarí té entre les seues files internacionals en totes les categories, demostrant un alt nivell dels seus jóvens futbolistes que s'han alçat amb molts títols de lliga en les seues respectives categories com el juvenil i el cadet en l'última dècada, com també va aconseguir l'aleví a nivell nacional en 2007 –entre altres-, en una mostra clara d'un brillant progrés a nivell institucional.
El filial compleix el seu segon any en la categoria de plata
La mostra més contundent del gran treball progressiu del planter groga és la consagració de tenir al seu equip filial a la Segona Divisió del futbol espanyol, sent l'únic club de Primera, al costat del FC Barcelona, en poder aconseguir aquesta gesta. Un mèrit que encara té més validesa, situant-se per sobre de les grans ciutats que potencialment tenen més possibilitats. El Villarreal B va aconseguir l'ascens a la Temporada 2008/2009 amb un brillant joc col·lectiu que manté a la 'categoria de plata', amb una plantilla molt jove que dóna l'exemple amb futbol i resultats, sent la gran revelació de la temporada, amb talents individuals que es converteixen en veritables promeses del futbol mundial. Així, i després de finalitzar la seua temporada de debut a la setena posició, el conjunt va aconseguir mantenir-se en la 10-11 en la categoria i afronta una il·lusionant tercera campanya en l'elit.
El Villarreal C, a Tercera Divisió
El segon filial del Villarreal CF també es troba en una categoria molt competitiva com la Tercera Divisió, amb jugadors molt joves- majoritàriament amb edat de juvenils- que destaquen pel seu joc i projecció al planter. Aquest equip és dirigit actualment pel tècnic juliol Velázquez.
El Juvenil, bicampió de la temporada
El Villarreal Juvenil A es va proclamar campió del Grup VII de Divisió d'Honor amb tota l'èpica possible en la passada campanya. Els grocs van golejar sense pietat en l'última jornada res i van acabar aconseguint un 'set' en blanc (6-0) per cantar victòria sota l'atenta mirada del president del Villarreal, Fernando Roig. El juvenil només li calia sumar un punt per proclamar-se campió i no només va sumar tres, sinó que ho va fer com només els grans canvis peons saben fer-ho. Per a la campanya 11-12, el tècnic elegit és Jorge Peris, entrenador de confiança de la casa.