- Curiosamente, el debut en la fase de grupos volvió a ser ante el Manchester United y con idéntico marcador: un empate a cero.
- Los cuatro choques en los que los amarillos se han medido con el Manchester UNited se han saldado con un empate sin goles.
- Los amarillos volvieron a lograr el pase a la Champions tras una gran campaña en la que fueron subcampeones.
- El Submarino quedó encuadrado en la fase de grupos con el Manchester United, Aalborg y Celtic de Glasgow.
- De los choques ante el Celtic de Glasgow (1-0 en El Madrigal y 2-0 en Celtic Park) nació una gran relación entre ambas aficiones.
- El Villarreal se hizo con tres valiosos puntos en el choque frente a los escoceses y dejó encarrilado el pase ante el Aalborg.
- El Madrigal volvió a vestirse por segunda vez con sus mejores galas en la 08-09 para participar en la Liga de Campeones.
- El conjunto dirigido por Manuel Pellegrini lograron su mayor goleada en el torneo al derrotar por 6-3 al Aalborg danés.
- El Panathinaikos griego fue el rival del Submarino en los octavos de final.
- Rossi anotó ante los griegos, pero el tanto de Karagounis dejó la eliminatoria abierta para la vuelta, que se jugó en Atenas.
- El conjunto heleno demostró oficio en la ida, pero el Villarreal supo salir vivo del infierno griego y se impuso por 1-2.
- Aunque el Villarreal dispuso de ocasiones para marcar ante el Panathinaikos, la suerte fue esquiva y el choque se saldó con 1-1.
- El Arsenal volvió a cruzarse de nuevo en el camino del Villarreal, esta vez en cuartos. En la foto, Capdevila se lamenta de una ocasión perida en el partido de ida.
- En la ida, el Villarreal empató a uno con el conjunto londinense, pero los 'gunners' terminarían siendo de nuevo verdugos del conjunto castellonense con un claro 3-0 en el partido de vuelta.
- Pese a la derrota, el Submarino volvió a demostrar su enorme valía en el torneo continental. En la foto, Manuel Pellegrini da instrucciones desde la banda a sus jugadores.
El Villarreal va tornar a escoltar l'himne de la Champions League en la temporada 2008-2009 gràcies a una temporada espectacular en Lliga en què va aconseguir el subcampionat amb 77 punts sumats a favor seu al finalitzar la competició. Així, els grocs van evitar la repesca i van entrar directament en la Fase de Grups acumulant així set temporades consecutives en què el Villarreal jugava a Europa.
El sorteig va oferir que el Submarí quedara enquadrat en el Grup E junt amb el Manchester United, l'Aalborg i el Celtic de Glasgow. Una dura prova que els grocs van superar amb nota.
Estrena en el ‘Teatre dels Sons'
L'estrena del Submarí va ser ni més ni menys que en el ‘Teatre dels Sons' d'Old Trafford. El Villarreal va sumar un meritori punt gràcies a l'empat a zero aconseguit ant el que llavors era el vigent campió de la competició. L'orde tàctic i les grans intervencions de Diego López van fer possible que el Manchester no poguera emportar-se el triomf. Inclús, els grocs van tindre l'oportunitat de guanyar el xoc en una jugada per banda dreta que va acabar en un precís centre del canari Ángel i amb un rematada posterior amb el tacó del mexicà Guille Franco que es va estavellar en la fusta. Finalment ambdós equips es van haver de conformar amb el repartiment de punts.
El segon partit de la Fase de Grups va mesurar les forces del Villarreal i del Celtic de Glasgow en El Madrigal. En un partit marcat per l'excel·lent relació entre les dos aficions, Marcos Senna va ser el protagonista. Un precís llançament de falta de l'hispanobrasileño va ser suficient per a doblegar al conjunt escocés i donar-li així els tres punts als grocs.
La major golejada
La major golejada dels grocs en competició europea va arribar en el tercer partit de la Fase de Grups. El Madrigal va ser testimoni d'un partit trepidant entre el Vila-real i l'Aalborg danés que va acabar amb el resultat de 6-3 a favor del Submarí gràcies als gols de Rossi, Capdevila, Pires, i un ‘hat-trick' de Joseba Llorente, que va tindre l'honor de ser el primer jugador groc que aconseguia marcar tres gols en un partit europeu.
El segon partit davant dels danesos, disputat en l'estadi de l'Aalborg, va acabar amb empat a dos. Giuseppe Rossi va avançar als grocs amb un tir col·locat fregant el temps de descans, mentres que l'Aalborg va arribar a empatar per mitjà de Curth, ja en la segona mitat. Guille Franco va tornar a avançar als grocs darrere de controlar amb el pit, però un llançament de falta de Due va posar les taules definitives en el marcador.
Amb huit punts en el seu caseller, el Villarreal va rebre al Manchester United en El Madrigal. Un partit molt igualat que va tornar a donar com resultat un 0-0 i que va servir perquè el Submarí es classificara matemàticament per a la següent ronda.
L'últim partit de la Fase de Grups, disputat davant del Celtic de Glasgow, va ser un mer tràmit en què els grocs van caure per 2-0, quedant finalment en la segona plaça del seu grup.
Gloria en l'infern grec
El sorteig dels octaus de final va oferir que el Villarreal s'enfrontara amb el Panathinaikos grec. El partit d'anada, disputat en El Madrigal, va finalitzar amb un injust empat, ja que el Submarí va disposar d'innumerables ocasions de gol i el conjunt grec va aprofitar una de les seues poques oportunitats per a marcar per mitjà de Karagounis. Rossi, de penal comés Pires, va igualar la contesa.
El partit de volta es va disputar en el ‘infern grec'. El Villarreal necessitava guanyar o almenys empatar a més d'un gol per a passar a la següent ronda. L'ambient era infernal, però el Submarí va imposar la seua major qualitat i va acabar doblegant al Panathinaikos per 1-2 amb gols d'Ibagaza i de Joseba Llorente en una nit històrica que es va viure amb intensitat tant a Atenes com a Espanya, on els aficionats grocs van disfrutar d'un nou triomf del seu equip per televisió.
Una altra vegada l'Arsenal
L'Arsenal va ser el rival del Villarreal en quarts de final. Els ‘gunners' van tornar a erigir-se en el botxí dels grocs i van acabar amb les esperances del Submarí en la competició. Un golazo de Marcos Senna des de 25 metres obria l'eliminatòria en el partit d'anada disputat en El Madrigal, però Adebayor, de mitja xilena, es va encarregar d'apagar l'eufòria groga ja en la segona mitat del xoc.
El partit de volta, jugat en l'Emirates Stadium de Londres, va acabar amb un clar 3-0 a favor dels anglesos que van eliminar al Submarí amb gols de Walcott, Adebayor i Van Persie. A pesar de la derrota, el Villarreal tornava a demostrar el seu gran nivell a Europa.