Amb l'espineta clavada que va suposar l'eliminació en semifinals davant del València en la UEFA 2003-2004, el Villarreal va arribar de nou a jugar la segona competició europea per mitjà del seu títol en la Intertoto. En esta edició de la UEFA els grocs van arribar fins a quarts de final, on el conjunt holandés de l'AZ Alkmaar va ser el seu botxí acabant així amb les il·lusions del Submarí.

Fins a arribar a quarts de final, el Villarreal va haver de superar tres eliminatòries i una fase de grups en què va jugar contra quatre equips distints. L'Hammarby va ser la primera pedra en el camí del Submarí, que va guanyar a l'equip suec per 1-2 fora de casa i un clar 3-0 en el partit disputat en El Madrigal.

Ja en la fase de grups el Submarí va guanyar dos partits i va empatar els altres dos, per la qual cosa va eixir invicte en partits contra el Lazio (1-1), Middlesbrough (2-0), Partizán (1-1) i Egaleo (4-0).

El Dinamo de Kíev va ser el rival dels grocs en setzens de final de li UEFA 2004-2005. El partit d'anada es va disputar en terres ucraïneses davall una intensa nevada que va deslluir l'espectacle fins que finalment el partit va acabar amb el resultat inicial de 0-0. El Madrigal va dictar sentència poc després en un partit en què els grocs es van mostrar molt superiors i van guanyar gràcies als gols de Lucho Figueroa i de Santi Cazorla (2-0).

En octaus de final el Villarreal es va enfrontar al Steaua de Bucarest. L'anada, disputada a Romania, va acabar en empat a zero, mentre que el xoc de volta es va disputar en El Madrigal. José Mari va anotar el primer gol amb un precisa testarrada al servici d'un córner, mentre que Riquelme va sentenciar l'eliminatòria des del punt de penal.

En quarts de final es va acabar el son del Submarí. En el seu camí es va encreuar l'AZ Alkmaar, que va ser capaç de guanyar en El Madrigal per 1-2 i empatar en sa casa (1-1).