La Copa Intertoto de l'any 2006 va ser la trajectòria més curta en una competició europea del Villarreal. El Submarí es va enfrontar en tercera ronda al conjunt eslové del Maribor que el va eliminar.
El partit d'anada va ser contrari als interessos grocs, ja que el Maribor es va portar un gran resultat de 1-2 per al partit de volta amb gols de Rakic i Mihelic, fent inútil el gol marcat per Forlán en el minut 71 del xoc.
El partit de volta va resultar molt enrevessat i el Villarreal no va poder remuntar l'eliminatòria empatant a un en el marcador amb tant de Nihat.